La nueva área protegida comprende una superficie aproximada de 5 mil hectáreas, de las cuales 3 mil pertenecen a humedales, y conserva un sector de transición entre las ecorregiones Delta e Islas del Paraná y Chaco Húmedo.
Laguna El Palmar tiene una gran riqueza en flora y fauna. Una de las especies representadas en su emblema es el surubí a lunares, pez con una marcada influencia cultural en la región litoraleña del país en términos gastronómicos, comerciales y de pesca deportiva. Además, en las áreas de bosques fluviales y albardones, se destacan especies como el aguará guazú, pumas, zorros.